故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。高槻手纲（齐藤壮马 配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇 配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。
解放封印，额头出现龙之纹章时，新的真王传说即将宣告开始！这时代出生的摩陀罗，在其出生时的声音同时将魔王米洛克全身的灵力夺取，并丢往黑暗世界去。15年后，灼热的沙漠，在这养育他长大的亲人汰汰罗，将其全身装上机械装置，而摩陀罗也长大成一少年。长年的流浪，最后两人来到和平的尼索之社，并和麒麟相遇，这段期间也得到休息；但好景不常，米洛克的魔爪却来到了这个平和之社。村人被虐杀，连汰汰罗也身负重伤而倒地。另一方面，此刻隶属于米洛克军队的亡国之王子夏凰翔和圣邪神，也倒戈相向并脱离须弥山之控制。在与米洛克军队战斗之中，摩陀罗、麒麟和夏凰翔、圣邪神之宿命邂逅会如何发展下去？心中各有所思的他们，同时前往米洛克帝王所在之须弥山踏上旅程！
故事开始于16世纪的佛罗伦萨，阿尔蒂（小松未可子 配音）是一位出生在贵族家庭的少女，性格开朗的她对这个世界充满了好奇，从很小的时候起，阿尔蒂就深深的沉迷于绘画无法自拔，立志成为一名画家，可是，在那个年代，一位女性想要成为画家简直就是天方夜谭。虽然母亲强烈反对阿尔蒂的决定，但阿尔蒂还是坚持了自己的梦想，她找到了当时著名的画家雷欧（小西克幸 配音），请求进入他的艺术工作室学习。虽然刚开始雷欧并不准备接受这个看上去有些憨的少女，但在阿尔蒂的身上，雷欧看到了自己曾经充满了热情的模样，就这样，阿尔蒂正式的成为了雷欧的徒弟，开始了她的绘画之路。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
故事讲述西元2060年的地球，人口爆炸，造成严重的社会问题，为了抑制入人口，凡是生育超过一个小孩的人都必须处死。岂料有一个超级花花公子竟然让100个女人怀孕，导致生下100个具有相同好色基因（DNA）的小孩散布在世界各地。为了解决这个可怕的问题，未来政府派遣一位少女特使－－加林，穿越时空来到90 年代，试图找出这个16岁的高中嫌犯：超级花花公子……
1969年，著名日本漫画家藤子·F·不二雄（藤本弘）创作出圆脑袋、蓝身体、拥有神奇道具的百宝袋的哆啦A梦，在此之后，这个可爱的角色迅速窜红，享誉海内外，成为最成功的漫画角色之一。随着1979年同名动画开播，哆啦A梦更走入千家万户，带给所有的拥趸无数甜蜜美好的回忆。即使藤本弘老师去世后，哆啦A梦也并未停止他前进的脚步，他和大雄、静香、小夫、胖虎等好友继续引领着大朋友、小朋友们，开始一次又一次的全新冒险。 2005年，TV动画版《哆啦A梦》第二作在中止一个月左右后重返荧屏，而与后期剧场版相呼应的全新且更贴近原著的画风则仿佛昭示着一个新时代的到来。毕竟我们最熟悉的朋友从未远去，他以更纯真的面孔回到我们的身边！
转学到远处高中的金泽伸明，由于在之前的学校经历过的某件事，而对于与同班同学亲密相处感到恐惧，封锁了自己的内心，但他以体育祭上的班级对抗接力赛为契机，开始和同学们变得融洽起来。此时，同班同学全员的手机收到了一封自称为“国王”之人所发送的邮件。同班同学们认为这只是单纯的恶作剧而并没当回事，但只有伸明知道此事的含义，并对于要面对即将开始的“死亡”游戏感到内心纠葛……
只有午夜零时才能访问的「地狱通信」，如果把怨恨写信投递的话,地狱少女将会出现,将你所怨恨之人打入地狱的深渊。在街头巷尾流传的传言实际上却有其事。她的名字叫做阎魔爱，平时并不是很起眼的少女，一旦与憎恨的感情相共鸣时，就会变身成为地狱少女。但是，这里有传说中未曾提到的，与少女的契约“诅咒别人是双重的，再把对方送进地狱的同时，你的灵魂在死后也会进入地狱，尽管这样也无所谓吗？”
仓田英之的轻小说‘R.O.D READ OR DIE YOMIKO READMAN \"THE PAPER\"’为原作。描写“操纸术”能自在操纵纸的能力的秘密探员读子·利德曼（YOMIKO READMAN）。如何解决企图以贝多芬的自杀交响曲，清除多余的人类的伟人军团。
《魔女的使命》蓝光附赠品特典。
本作为原创动画，将描绘游戏原作的遥远未来。故事以「グランシード学院」为舞台，以新世代的学生ネモ和ファリア两人为中心，讲述与不知名的「英雄」定下了契约的少年ネモ，在一次讨伐边境时与「グランシード学院」的学生会会长ファリア相遇，进而展开的原创故事。
